Το 3ο Γυμνάσιο Κιλκίς συμμετείχε το χρονικό διάστημα 2012-2014 σε διακρατικό πρόγραμμα COMENIUS μαζί με άλλες 7 χώρες  ( Ισπανία, Ιταλία, Φινλανδία, Τουρκία, Πολωνία, Ρουμανία, Γαλλία ) με θέμα «Η επίδραση του κλίματος στο ανθρωπογενές και φυσικό περιβάλλον της περιοχής μας» το οποίο διερευνήθηκε σε 8 επιμέρους θέματα:
1. Άγρια χλωρίδα και πανίδα της περιοχής.
2. Η πιο σημαντική περιβαλλοντική νομοθεσία.
3. Η επιλογή των πιο σημαντικών παιχνιδιών και αθλημάτων στο φυσικό και αστικό περιβάλλον.
4. Μελέτη της επίδρασης των χαρακτηριστικών κτηρίων και κατασκευών στα τοπία.
5. Γεωλογική μορφολογία και επίδραση του κλίματος στο τοπίο.
6. Επίδραση της γεωργίας στο τοπίο κάθε περιοχής.
7. Είδη πουλιών σε κάθε περιοχή.
8. Επιλογή φυσικών διαδρομών ειδικού ενδιαφέροντος της περιοχής.
Στις 5–9/5/2014 στο Ικόνιο της Τουρκίας πραγματοποιήθηκε η τελική συνάντηση των καθηγητών που υλοποίησαν το πρόγραμμα. Εκεί, στη γενική συνάντηση των υπεύθυνων του προγράμματος, έγινε η αποτίμηση του, η σύνταξη της τελικής έκθεσης και η καταγραφή των συμπερασμάτων που προέκυψαν από όλο το πρόγραμμα. Στα πλαίσια της διάχυσης του προγράμματος αποφασίστηκε η συγκέντρωση όλων των παρουσιάσεων σε ένα CD, σε ένα e-book και σε ένα συγκεντρωτικό PowerPoint.
Κατά τη διάρκεια της παραμονής όλων των αντιπροσωπειών στο Ικόνιο, πραγματοποιήθηκαν επισκέψεις στο Κυβερνείο και στη Δευτεροβάθμια εκπαίδευση Ικονίου, στον προσκυνηματικό χώρο Μεβλάνα καθώς και σε μια σειρά αξιοθέατων στον ευρύτερο χώρο της Καππαδοκίας.